เพื่อนที่ดีที่สุดในโลกหนึ่ง สาบานกับศัตรูในอีกโลกหนึ่ง... มาโต้ คุโรอิ และนักแม่นปืนแบล็ค ร็อค อัตตาของเธอจะต้องผ่านอะไรมาบ้างเพื่อช่วยคนที่เธอรักที่สุด โยมิ ทาคานาชิ จากตัวเธอเองจากนางพญาแห่งความตาย? เรื่องราวเล่าคู่ขนานกันจากโลกของเราและโลกทางเลือก ที่ซึ่งเพื่อนที่ดีที่สุดมีอยู่ในรูปแบบของ Black Rock Shooter และ Mistress of the Dead โลกของเราเต็มไปด้วยความรู้สึกและประสบการณ์ โลกทางเลือกเต็มไปด้วยการต่อสู้และภูมิทัศน์ที่มีสีสัน จุดเปลี่ยนเกิดขึ้นเมื่อมาโตะรีบตามโยมิที่หายสาบสูญไป...